Expansión clónica y caracterización genómica del proceso de integración del virus linfotrópico humano tipo I en la leucemia/linfoma de células T en adultos

Mercedes Salcedo-Cifuentes, Jesús Cabrera, Yesid Cuesta-Astroz, Edwin Carrascal, Yoshito Eizuru, Martha C. Domínguez, Adalberto Sánchez, Felipe García-Vallejo, .

Palabras clave: integración viral, virus linfotrópico de células T humanas tipo 1, leucemia/linfoma de células T en adultos, reacción en cadena de la polimerasa, genoma humano, biología computacional

Resumen

Introducción. Aunque la integración del virus linfotrópico humano tipo I no es al azar, se desconocen muchos de los detalles de este proceso.
Objetivo. Evaluar las características de la cromatina celular adyacente a secuencias provirales en pacientes con leucemia/linfoma de células T en adultos asociada al virus.
Materiales y métodos. Se extrajo el ADN de biopsias de siete pacientes colombianos con leucemia/linfoma de células T en adultos y positivos para el virus linfotrópico humano tipo I. Éste se amplificó mediante reacción inversa en cadena de la polimerasa, para determinar el grado de expansión clónica y su composición de nucleótidos. A partir de 61 secuencias de ADN humano adyacentes a provirus, provenientes de pacientes leucémicos colombianos y japoneses, se efectuó un análisis in silico para obtener datos sobre su integración, las características de la cromatina y sus funciones asociadas.
Resultados. La expansión de clones celulares fue predominantemente oligoclónica. De las 61 secuencias de ADN adyacente a provirus, se seleccionaron 155 alineamientos que cumplieron con los criterios de inclusión (homologías≥95%, e-value≤0,05). De éstos, 74,84% fueron secuencias no codificantes repetidas y no repetidas. El 45,95% de las integraciones provirales se localizó en los cromosomas de los grupos A y B. Se observaron tendencias de integración hacia exones de genes que se replican tempranamente, regulan el ciclo celular y participan en la transducción de señales.
Conclusiones. Los resultados permiten postular que la integración del virus linfotrópico humano tipo I se dirigiría hacia un ambiente genómico caracterizado por elevado contenido de C:G, genes de replicación temprana que regularían el ciclo celular y la transducción de señales.

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  • Mercedes Salcedo-Cifuentes Laboratorio de Biología Molecular y Patogénesis, Departamento de Ciencias Fisiológicas, Facultad de Salud, Universidad del Valle, Cali, Colombia
  • Jesús Cabrera Laboratorio de Biología Molecular y Patogénesis, Departamento de Ciencias Fisiológicas, Facultad de Salud, Universidad del Valle, Cali, Colombia. Facultad de Ciencias, Universidad de Nariño, Pasto, Colombia
  • Yesid Cuesta-Astroz Laboratorio de Biología Molecular y Patogénesis, Departamento de Ciencias Fisiológicas, Facultad de Salud, Universidad del Valle, Cali, Colombia
  • Edwin Carrascal Departamento de Patología, Facultad de Salud, Universidad del Valle, Cali, Colombia
  • Yoshito Eizuru Center for Chronic Viral Diseases, Faculty of Medicine, Kagoshima University, Kagoshima, Japan
  • Martha C. Domínguez Laboratorio de Biología Molecular y Patogénesis, Departamento de Ciencias Fisiológicas, Facultad de Salud, Universidad del Valle, Cali, Colombia
  • Adalberto Sánchez Laboratorio de Biología Molecular y Patogénesis, Departamento de Ciencias Fisiológicas, Facultad de Salud, Universidad del Valle, Cali, Colombia
  • Felipe García-Vallejo Laboratorio de Biología Molecular y Patogénesis, Departamento de Ciencias Fisiológicas, Facultad de Salud, Universidad del Valle, Cali, Colombia

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Cómo citar
Salcedo-Cifuentes, M., Cabrera, J., Cuesta-Astroz, Y., Carrascal, E., Eizuru, Y., Domínguez, M. C., Sánchez, A., & García-Vallejo, F. (1). Expansión clónica y caracterización genómica del proceso de integración del virus linfotrópico humano tipo I en la leucemia/linfoma de células T en adultos. Biomédica, 29(2), 218-231. https://doi.org/10.7705/biomedica.v29i2.24

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