Correlación entre el número de variantes de falsos positivos y la calidad de los resultados en la secuenciación con Ion Torrent PGM™ para seleccionar genes BRCA

Tiago César Gouvêa Moreira , Pricila da Silva Spínola , Micheline Campos Rezende, Carla Simone Moreira de Freitas, Fábio Borges Mury , Cibele Rodrigues Bonvicino, Luciana de Andrade Agostinho , .

Palabras clave: Análisis de secuencia, ADN, secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento, genes BRCA1, genes BRCA2

Resumen

Introducción. La secuenciación de nueva generación es un método rentable y rápido para el estudio de los genes, pero su protocolo entraña desafíos.
Objetivo. Investigar diferentes ajustes del protocolo de selección de los genes BRCA mediante secuenciación de Ion Torrent PGM™ y correlacionar los resultados con el número de variantes de falso positivo.
Materiales y métodos. El proceso de preparación de la biblioteca, el número de falsos positivos InDels, la concentración de la biblioteca, el número de ciclos en el paso de amplificación de objetivos, la pureza del ácido nucleico, la entrada y el número de muestras por chip del Ion-314 se analizaron en asociación con los resultados obtenidos por secuenciación de nueva generación secuenciación de nueva generación.
Resultados. Se hicieron 51 reacciones y nueve ajustes de los protocolos, y se observaron ocho falsos positivos InDels en las regiones de homopolímeros. No se observó ninguna variante de polimorfismo de nucleótido simple falso positivo. En 67,5 % de los casos, las variables de protocolo en su conjunto se asociaron con la calidad de los resultados obtenidos (p<0,05). El número de falsos positivos InDels disminuyó al aumentar la calidad de los resultados.
Conclusiones. El panel comunitario Ion AmpliSeq BRCA1/BRCA2 tuvo un mejor rendimiento, con cuatro muestras por chip Ion-314 en lugar de ocho, y el número de ciclos en el paso de amplificación, incluso con ADN de alta calidad, fue mejor con 23. Se observaron mejores resultados con el proceso de ecualización manual y sin el uso del kit Ion Library Equalizer. Estos ajustes proporcionaron una mayor cobertura de las variantes y menos artefactos. Los laboratorios deben realizar la validación interna porque las variantes de falsos positivos InDel pueden variar según la calidad de los resultados. La secuenciación de próxima generación debe validarse con Sanger.

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  • Tiago César Gouvêa Moreira Hospital do Câncer de Muriaé, Fundação Cristiano Varella, Muriaé, Brazil; Centro Universitário UNIFAMINAS, Muriaé, Brazil https://orcid.org/0000-0003-3362-7486
  • Pricila da Silva Spínola Divisão de Genética, Instituto Nacional do Câncer, Rio de Janeiro, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Genética, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil https://orcid.org/0000-0001-9121-3551
  • Micheline Campos Rezende Hospital do Câncer de Muriaé, Fundação Cristiano Varella, Muriaé, Brazil; Instituto de Ensino e Pesquisa Santa Casa BH, Belo Horizonte, Brazil https://orcid.org/0000-0001-6347-0040
  • Carla Simone Moreira de Freitas Hospital do Câncer de Muriaé, Fundação Cristiano Varella, Muriaé, Brazil; Instituto de Ensino e Pesquisa Santa Casa BH, Belo Horizonte, Brazil https://orcid.org/0000-0002-9397-9777
  • Fábio Borges Mury Thermo Fisher Scientific, São Paulo, Brazil https://orcid.org/0000-0002-8453-4354
  • Cibele Rodrigues Bonvicino Divisão de Genética, Instituto Nacional do Câncer, Rio de Janeiro, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Genética, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil https://orcid.org/0000-0002-1948-7643
  • Luciana de Andrade Agostinho UNIFAMINASHospital do Câncer de Muriaé, Fundação Cristiano Varella, Muriaé, Brazil; Centro Universitário UNIFAMINAS, Muriaé, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Neurologia, Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro Rio de Janeiro, Brazil https://orcid.org/0000-0001-5604-8386

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Cómo citar
1.
Gouvêa Moreira TC, da Silva Spínola P, Campos Rezende M, Moreira de Freitas CS, Borges Mury F, Rodrigues Bonvicino C, de Andrade Agostinho L. Correlación entre el número de variantes de falsos positivos y la calidad de los resultados en la secuenciación con Ion Torrent PGM™ para seleccionar genes BRCA. biomedica [Internet]. 15 de diciembre de 2021 [citado 2 de julio de 2022];41(4):773-86. Disponible en: https://revistabiomedica.org/index.php/biomedica/article/view/5663

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Publicado
2021-12-15
Sección
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