Aislamiento y caracterización de una cepa temprana de SARS-CoV-2 durante la epidemia de 2020 en Medellín, Colombia

Francisco J. Díaz, Wbeimar Aguilar-Jiménez, Lizdany Flórez-Álvarez, Gladys Valencia, Katherine Laiton-Donato, Carlos Franco-Muñoz, Diego Álvarez-Díaz, Marcela Mercado-Reyes, María Teresa Rugeles, .

Palabras clave: infecciones por coronavirus, síndrome respiratorio agudo grave, virus del SARS, secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento, microscopia electrónica, técnica indirecta del anticuerpo fluorescente

Resumen

Introducción. El nuevo coronavirus causante de un brote de enfermedad respiratoria aguda en China en diciembre de 2019 se identificó como SARS-CoV-2. La enfermedad, denominada COVID-19, fue declarada pandemia por la Organización Mundial de la Salud (OMS). El primer caso de COVID-19 en Colombia se reportó el 6 de marzo de 2020; en este estudio se caracterizó un aislamiento temprano del virus SARS-CoV-2 de una muestra ecolectada en abril de 2020.
Objetivos. Describir y caracterizar una cepa temprana a partir de un aislamiento de SARSCoV-2 durante la pandemia en Colombia.
Materiales y métodos. Se obtuvo una muestra de un paciente con COVID-19 confirmada por qRT-PCR; la muestra fue inoculada en diferentes líneas celulares hasta la aparición del efecto citopático. Para confirmar la presencia de SARS-CoV-2 en el cultivo, se utilizó la qRT-PCR a partir de los sobrenadantes, la inmunofluorescencia indirecta (IFI) en células Vero-E6, así como microscopía electrónica y secuenciación de nueva generación (nextgeneration sequencing).
Resultados. Se confirmó el aislamiento de SARS-CoV-2 en células Vero-E6 por la aparición del efecto citopático tres días después de la infección, así como mediante la qRT-PCR y la IFI positiva con suero de paciente convaleciente positivo para SARS-CoV-2. Además, en las imágenes de microscopía electrónica de trasmisión y de barrido de células infectadas se observaron estructuras compatibles con viriones de SARS-CoV-2. Por último, se obtuvo la secuencia completa del genoma, lo que permitió clasificar el aislamiento como linaje B.1.5.
Conclusiones. La evidencia presentada en este artículo permite confirmar el primer aislamiento de SARS-CoV-2 en Colombia. Además, muestra que esta cepa se comporta en cultivo celular de manera similar a lo reportado en la literatura para otros aislamientos y que su composición genética está acorde con la variante predominante en el mundo. Finalmente, se resalta la importancia que tiene el aislamiento viral para la detección de anticuerpos, para la caracterización genotípica y fenotípica de la cepa y para probar compuestos con potencial antiviral.

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Referencias bibliográficas

Huang D, Lian X, Song F, Ma H, Lian Z, Liang Y, et al. Clinical features of severe patients infected with 2019 novel coronavirus: A systematic review and meta-analysis. Ann Transl Med. 2020;8:576. https://doi.org/10.21037/atm-20-2124

Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Song ZG, et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020;579:265-9. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2008-3

Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020;579:270-3. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7

Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J, et al. A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. N Engl J Med. 2020;382:727-33. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001017

Bai Y, Jiang D, Lon JR, Chen X, Hu M, Lin S, et al. Comprehensive evolution and molecular characteristics of a large number of SARS-CoV-2 genomes reveal its epidemic trends. Int J Infect Dis. 2020;100:164-73. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.08.066

Koyama T, Platt D, Parida L. Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes. Bull World Health Organ. 2020;98:495-504. https://doi.org/10.2471/BLT.20.253591

Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, Yoon H, Theiler J, Abfalterer W, et al. Tracking changes in SARS-CoV-2 spike: Evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus. Cell. 2020;182:812-27 e19. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043

Toyoshima, Y., Nemoto, K., Matsumoto, S. et al. SARS-CoV-2 genomic variations associated with mortality rate of COVID-19. J Hum Genet. 2020. https://doi.org/10.1038/s10038-020-0808-9

Ministerio de Salud y Protección Social. Colombia confirma su primer caso de COVID-19. Fecha de consulta: 25 de septiembre de 2020. Disponible en: https://www.minsalud.gov.co/Paginas/Colombia-confirma-su-primer-caso-de-COVID-19.aspx

Corman VM, Landt O, Kaiser M, Molenkamp R, Meijer A, Chu DK, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020;25:2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

World Health Organization. Laboratory biosafety guidance related to coronavirus disease (COVID-19). (COVID-19): Interim guidance, March 19, 2020. Geneva: WHO; 2020. p. 11. Fecha de consulta: 25 de septiembre de 2020. Disponible en: https://apps.who.int/iris/handle/10665/331500?locale-attribute=es&

Quick J. nCoV-2019 sequencing protocol V.1 protocols.io2020. Fecha de consulta: 25 de septiembre de 2020. Disponible en: https://www.protocols.io/view/ncov-2019-sequencingprotocol-bbmuik6w

Rambaut A, Quick J. artic-ncov2019 GitHub2020. Fecha de consulta: 25 de septiembre de 2020. Disponible en: https://github.com/artic-network/artic-ncov2019/blob/master/primer_schemes/nCoV-2019/V1/nCoV-2019_SMARTplex.tsv

Li H, Wong C, Mori Y. bwa - Burrows- Wheeler Alignment Tool 2020. Fecha de consulta: 25 de septiembre de 2020. Disponible en: http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml

O´Toole A, McCrone J. Phylogenetic assignment of named global outbreak LINeages 2020. Fecha de consulta: 18 de junio de 2020. Disponible en: https://github.com/hCoV-2019/pangolin

Laiton-Donato K, Villabona-Arenas CJ, Usme-Ciro JA, Franco-Muñoz C, Álvarez-Díaz DA, Villabona-Arenas LS, et al. Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Colombia. medRxiv. 2020;medRxiv 2020.06.26.20135715. https://doi.org/10.1101/2020.06.26.20135715

Park WB, Kwon NJ, Choi SJ, Kang CK, Choe PG, Kim JY, et al. Virus isolation from the first patient with SARS-CoV-2 in Korea. J Korean Med Sci. 2020;35:e84. https://doi.org/10.3346/jkms.2020.35.e84

Harcourt J, Tamin A, Lu X, Kamili S, Sakthivel SK, Murray J, et al. Isolation and characterization of SARS-CoV-2 from the first US COVID-19 patient. bioRxiv. 2020;bioRxiv 2020.03.02.972935. https://doi.org/10.1101/2020.03.02.972935

Centers for Disease Control and Prevention. Duration of isolation and precautions for adults with COVID-19 Healthcare workers 2020. Fecha de consulta: 25 de septiembre de 2020. Disponible en: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/duration-isolation.html

Zhang L, Jackson CB, Mou H, Ojha A, Rangarajan ES, Izard T, et al. The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity. bioRxiv. 2020;bioRxiv 2020.06.12.14872. https://doi.org/10.1101/2020.06.12.148726

Plante JA, Liu Y, Liu J, Xia H, Johnson BA, Lokugamage KG, et al. Spike mutation D614G alters SARS-CoV-2 fitness and neutralization susceptibility. bioRxiv. 2020;bioRxiv 2020.09.01.278689. https://doi.org/10.1101/2020.09.01.278689

Bullard J, Dust K, Funk D, Strong JE, Alexander D, Garnett L, et al. Predicting infectious severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 from diagnostic samples. Clin Infect Dis. 2020. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa638

Cómo citar
1.
Díaz FJ, Aguilar-Jiménez W, Flórez-Álvarez L, Valencia G, Laiton-Donato K, Franco-Muñoz C, Álvarez-Díaz D, Mercado-Reyes M, Rugeles MT. Aislamiento y caracterización de una cepa temprana de SARS-CoV-2 durante la epidemia de 2020 en Medellín, Colombia. biomedica [Internet]. 30 de octubre de 2020 [citado 29 de noviembre de 2020];40(Supl. 2):148-5. Disponible en: https://revistabiomedica.org/index.php/biomedica/article/view/5834
Publicado
2020-10-30
Sección
Artículos originales

Datos de financiación