Secuencia genómica del virus de la viruela símica de un caso importado en Colombia

Katherine Laiton-Donato, Diego A. Álvarez-Díaz, Carlos Franco-Muñoz, Héctor A. Ruiz-Moreno, Paola Rojas-Estévez, Andrés Prada, Alicia Rosales, Martha Lucía Ospina, Marcela Mercado-Reyes, .

Palabras clave: virus de la viruela de los monos, secuenciación de nanoporos, filogenia, Colombia

Resumen

Introducción. El virus de la viruela del mono (MPXV) está compuesto por un genoma de ADN bicatenario, aproximadamente, de 197.209 pb. La clasificación actual agrupa el MPXV en tres clados: clado I (de la cuenca del Congo en África central), y clados IIa y IIb (de África occidental).
Objetivo. Reportar el genoma completo y el análisis filogenético de un caso humano de viruela símica detectado en Colombia.
Materiales y métodos. Se obtuvo exudado de lesiones vesiculares de un paciente varón con el antecedente de un viaje reciente a España. Se implementó un enfoque directo, en el cual se purificó el ADN total de la muestra mediante un método basado en columnas, seguido de la secuenciación directa en la plataforma Nanopore GridION. Las lecturas se alinearon con el genoma de referencia del MPXV, utilizando minimap2, v.2.24, y la inferencia filogenética fue realizada mediante la estimación por máxima verosimilitud.
Resultados. Un total de 11.951 lecturas se alinearon directamente con el genoma de referencia con una cobertura del 96,8 % (190.898 pb).
Conclusión. El análisis filogenético del MPXV circulante en Colombia demostró su estrecha relación con el clado de África occidental (clado IIb) responsable del brote en múltiples países en el 2022.

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  • Katherine Laiton-Donato Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia https://orcid.org/0000-0003-1383-3127
  • Diego A. Álvarez-Díaz Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia https://orcid.org/0000-0002-6534-0079
  • Carlos Franco-Muñoz Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia https://orcid.org/0000-0003-3140-8167
  • Héctor A. Ruiz-Moreno Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia https://orcid.org/0000-0002-0378-9276
  • Paola Rojas-Estévez Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia https://orcid.org/0000-0002-1458-2473
  • Andrés Prada Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia https://orcid.org/0000-0002-6326-2003
  • Alicia Rosales Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia https://orcid.org/0000-0003-1648-8912
  • Martha Lucía Ospina Dirección General, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia https://orcid.org/0000-0002-7484-9686
  • Marcela Mercado-Reyes Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia https://orcid.org/0000-0003-3721-3176

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Cómo citar
1.
Laiton-Donato K, Álvarez-Díaz DA, Franco-Muñoz C, Ruiz-Moreno HA, Rojas-Estévez P, Prada A, et al. Secuencia genómica del virus de la viruela símica de un caso importado en Colombia. biomedica [Internet]. 2 de septiembre de 2022 [citado 29 de marzo de 2024];42(3):541-5. Disponible en: https://revistabiomedica.org/index.php/biomedica/article/view/6647

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2022-09-02
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