Los haplotipos en CCR5-CCR2, CCL3 y CCL5 se asocian con resistencia natural a la infección por el HIV-1 en una cohorte colombiana
Resumen
Introducción. Algunas variantes en genes que codifican los correceptores del HIV-1 y sus ligandos se han asociado individualmente a la resistencia natural frente a dicha infección. Sin embargo, su presencia simultánea ha sido poco estudiada.
Objetivo. Evaluar la asociación de haplotipos individuales y multilocus en genes que codifican los correceptores virales CCR5 y CCR2 y sus ligandos CCL3 y CCL5 con la resistencia o la propensión a la infección por el HIV-1.
Materiales y métodos. Nueve variantes en CCR5-CCR2, dos en CCL3 y dos en CCL5 fueron genotipificadas mediante reacción en cadena de la polimerasa de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (Restriction Fragment Length Polymorphism-PCR-RFLP) en 35 individuos seropositivos (casos) y 49 seronegativos expuestos (controles) de Colombia. Los haplotipos se infirieron utilizando el programa Arlequín, y su frecuencia individual o combinada se comparó en los casos y los controles mediante la prueba de ji al cuadrado. Se consideró significativo un valor de p’<0,05 después de la corrección de Bonferroni.
Resultados. La homocigosis del haplogrupo humano (HH) E estaba ausente en los controles y era frecuente en los casos, es decir, con tendencia hacia la propensión. Los haplotipos C-C y T-T en CCL3 se asociaron con la propensión (p’=0,016) y la resistencia (p’<0,0001), respectivamente. Por último, en el análisis multilocus, el haplotipo combinado formado por HHC en CCR5-CCR2, T-T en CCL3 y G-C en CCL5 se asoció con la resistencia (p’=0,006).
Conclusión. Los resultados de este estudio sugieren que ciertas combinaciones específicas de variantes en los genes de una misma vía de señalización pueden definir un fenotipo resistente al HIV-1. Aunque el tamaño de la muestra era pequeño, las asociaciones estadísticamente significativas sugieren un efecto considerable; sin embargo, estos resultados deben validarse en cohortes de mayor tamaño.
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Referencias bibliográficas
Frade JM, Llorente M, Mellado M, Alcamí J, Gutiérrez-Ramos JC, Zaballos A, et al. The amino-terminal domain of the CCR2 chemokine receptor acts as coreceptor for HIV-1 infection. J Clin Invest. 1997;100:497-502. http://dx.doi.org/10.1172/JCI119558
González E, Bamshad M, Sato N, Mummidi S, Dhanda R, Catano G, et al. Race-specific HIV-1 disease-modifying effects associated with CCR5 haplotypes. Proc Natl Acad Sci USA. 1999;96:12004-9. http://dx.doi.org/10.1073/pnas.96.21.12004
González E, Dhanda R, Bamshad M, Mummidi S, Geevarghese R, Catano G, et al. Global survey of genetic variation in CCR5, RANTES, and MIP-1 alpha: Impact on the epidemiology of the HIV-1 pandemic. Proc Natl Acad Sci U S A. 2001;98:5199-204. http://dx.doi.org/10.1073/pnas.091056898
Ometto L, Zanchetta M, Mainardi M, De Salvo GL, García-Rodríguez MC, Gray L, et al. Co-receptor usage of HIV-1 primary isolates, viral burden, and CCR5 genotype in mother-to-child HIV-1 transmission. AIDS. 2000;14:1721-9.
Zapata W, Aguilar-Jiménez W, Pineda-Trujillo N, Rojas W, Estrada H, Rugeles MT. Influence of CCR5 and CCR2 genetic variants in the resistance/susceptibility to HIV in serodiscordant couples from Colombia. AIDS Res Hum Retroviruses. 2013;29:1594-603. http://dx.doi.org/10.1089/aid.2012.0299
Singh KK, Barroga CF, Hughes MD, Chen J, Raskino C, McKinney RE, et al. Genetic influence of CCR5, CCR2, and SDF1 variants on human immunodeficiency virus 1 (HIV-1)-related disease progression and neurological impairment, in children with symptomatic HIV-1 infection. J Infect Dis.2003;188:1461-72. http://dx.doi.org/10.1086/379038
Nguyen L, Li M, Chaowanachan T, Hu DJ, Vanichseni S, Mock PA, et al. CCR5 promoter human haplogroups associated with HIV-1 disease progression in Thai injection drug users. AIDS. 2004;18:1327-33. http://dx.doi.org/10.1097/01.aids.0000131303.39957.15
Li M, Song R, Masciotra S, Soriano V, Spira TJ, Lal RB, et al. Association of CCR5 human haplogroup E with rapid HIV type 1 disease progression. AIDS Res Hum Retroviruses. 2005;21:111-5. http://dx.doi.org/10.1089/aid.2005.21.111
Rugeles MT, Solano F, Díaz FJ, Bedoya VI, Patiño PJ. Molecular characterization of the CCR 5 gene in seronegative individuals exposed to human immunodeficiency virus (HIV). J Clin Virol. 2002;23:161-9. http://dx.doi.org/10.1016/S1386-6532(01)00219-0
Rousset F. Genepop’007: A complete reimplementation of the Genepop software for Windows and Linux. Mol Ecol Resour. 2008;8:103-6. http://dx.doi.org/10.1111/j.1471-8286.2007.01931.x
Excoffier L, Lischer H. Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Mol Ecol Resour. 2010;10:564-7. http://dx.doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x
Librado P, Rozas J. DnaSP v5: A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics. 2009;25:1451-2. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp187
Ma JZ, Beuten J, Payne TJ, Dupont RT, Elston RC, Li MD. Haplotype analysis indicates an association between the DOPA decarboxylase (DDC) gene and nicotine dependence. Hum Mol Genet. 2005;14:1691-8. http://dx.doi.org/10.1093/hmg/ddi177
Bedoya G, Montoya P, García J, Soto I, Bourgeois S, Carvajal L, et al. Admixture dynamics in Hispanics: A shift in the nuclear genetic ancestry of a South American population isolate. Proc Natl Acad Sci USA. 2006;103:7234-9. http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0508716103
Rojas W, Parra MV, Campo O, Caro MA, Lopera JG, Arias W, et al. Genetic make up and structure of Colombian populations by means of uniparental and biparental DNA markers. Am J Phys Anthropol. 2010;143:13-20. http://dx.doi.org/10.1002/ajpa.21270
Jiang D, Mummidi S, Ahuja SK, Jarrett HW. CCR5 promoter haplotype transcription complex characterization. J Health Care Poor Underserved. 2011;22(Suppl.):73-90.
http://dx.doi.org/10.1353/hpu.2011.0169
Mummidi S, Bamshad M, Ahuja SS, González E, Feuillet PM, Begum K, et al. Evolution of human and non-human primate CC chemokine receptor 5 gene and mRNA. Potential roles for haplotype and mRNA diversity, differential haplotype-specific transcriptional activity, and altered transcription factor binding to polymorphic nucleotides. J Biol Chem. 2000;275:18946-61. http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M000169200
Liu H, Nakayama EE, Theodorou I, Nagai Y, Likanonsakul S, Wasi C, et al. Polymorphisms in CCR5 chemokine receptor gene in Japan. Int J Immunogenet. 2007;34:325-35. http://dx.doi.org/10.1111/j.1744-313X.2007.00694.x
Tang J, Shelton B, Makhatadze NJ, Zhang Y, Schaen M, Louie LG, et al. Distribution of chemokine receptor CCR2 and CCR5 genotypes and their relative contribution to human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) seroconversion, early HIV-1 RNA concentration in plasma, and later disease progression. J Virol. 2002;76:662-72. http://dx.doi.org/10.1128/JVI.76.2.662-672.2002
Kawamura T, Gulden FO, Sugaya M, McNamara DT, Borris DL, Lederman MM, et al. R5 HIV productively infects Langerhans cells, and infection levels are regulated by compound CCR5 polymorphisms. Proc Natl Acad Sci USA. 2003;100:8401-6. http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1432450100
Gong Z, Tang J, Xiang T, Zhang L, Liao Q, Liu W, et al. Association between regulated upon activation, normal T cells expressed and secreted (RANTES) -28C/G polymorphism and susceptibility to HIV-1 infection: A metaanalysis. PLoS One. 2013;8:e60683. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0060683
He J, Li X, Tang J, Jin T, Liao Q, Hu G. Association between chemotactic chemokine ligand 5 -403G/A polymorphism and risk of human immunodeficiency virus-1 infection: A metaanalysis. Onco Targets Ther. 2015;8:727-34. http://dx.doi.org/10.2147/OTT.S78581
Ward LD, Kellis M. Interpreting noncoding genetic variation in complex traits and human disease. Nat Biotechnol. 2012;30:1095-106. http://dx.doi.org/10.1038/nbt.2422
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- Rosa Magdalena Uscátegui, Adriana M. Correa, Jaime Carmona-Fonseca, Cambios en las concentraciones de retinol, hemoglobina y ferritina en niños palúdicos colombianos , Biomédica: Vol. 29 Núm. 2 (2009)
- Claudia M.E. Romero-Vivas, Luis Eduardo Castro, Lila Visbal, Ana María Santos, Esther Díaz, Miasis cutánea por Cochliomyia hominivorax (Coquerel) (Díptera: Calliphoridae) en el Hospital Universidad del Norte, Soledad, Atlántico , Biomédica: Vol. 29 Núm. 1 (2009)
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