Secuencia genómica del virus de la viruela símica de un caso importado en Colombia

Katherine Laiton-Donato, Diego A. Álvarez-Díaz, Carlos Franco-Muñoz, Héctor A. Ruiz-Moreno, Paola Rojas-Estévez, Andrés Prada, Alicia Rosales, Martha Lucía Ospina, Marcela Mercado-Reyes, .

Palabras clave: Monkeypox virus, nanopore sequencing, phylogeny, Colombia virus de la viruela de los monos, secuenciación de nanoporos, filogenia, Colombia

Resumen

Introducción. El virus de la viruela del mono (MPXV) está compuesto por un genoma de ADN bicatenario, aproximadamente, de 197.209 pb. La clasificación actual agrupa el MPXV en tres clados: clado I (de la cuenca del Congo en África central), y clados IIa y IIb (de África occidental).
Objetivo. Reportar el genoma completo y el análisis filogenético de un caso humano de viruela símica detectado en Colombia.
Materiales y métodos. Se obtuvo exudado de lesiones vesiculares de un paciente varón con el antecedente de un viaje reciente a España. Se implementó un enfoque directo, en el cual se purificó el ADN total de la muestra mediante un método basado en columnas, seguido de la secuenciación directa en la plataforma Nanopore GridION. Las lecturas se alinearon con el genoma de referencia del MPXV, utilizando minimap2, v.2.24, y la inferencia filogenética fue realizada mediante la estimación por máxima verosimilitud.
Resultados. Un total de 11.951 lecturas se alinearon directamente con el genoma de referencia con una cobertura del 96,8 % (190.898 pb).
Conclusión. El análisis filogenético del MPXV circulante en Colombia demostró su estrecha relación con el clado de África occidental (clado IIb) responsable del brote en múltiples países en el 2022.

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  • Katherine Laiton-Donato Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia
  • Diego A. Álvarez-Díaz Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia
  • Carlos Franco-Muñoz Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia
  • Héctor A. Ruiz-Moreno Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia
  • Paola Rojas-Estévez Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia
  • Andrés Prada Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia
  • Alicia Rosales Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia
  • Martha Lucía Ospina Dirección General, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia
  • Marcela Mercado-Reyes Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia

Referencias bibliográficas

Yinka-Ogunleye A, Aruna O, Dalhat M, Dalhat M, Ogoina D, McCollum A, et al . Outbreak of human monkeypox in Nigeria in 2017-18: A clinical and epidemiological report. Lancet Infect Dis. 2019;19:872-9. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(19)30294-4

World Health Organization. Multi-country monkeypox outbreak in non-endemic countries. Geneva; WHO; 2022. Accessed: June 28, 2022. Available from: https://www.who.int/emergencies/disease-outbreak-news/item/2022-DON385

Happi C, Adetifa I, Mbala P, Njouom R, Nakoune E, Happi A, et al. Urgent need for a non-discriminatory and non-stigmatizing nomenclature for monkeypox virus. PLoS Biol. 2022;20:e3001769. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001769

Likos AM, Sammons SA, Olson VA, Frace AM, Li Y, Olsen-Rasmussen M, et al. A tale of two clades: Monkeypox viruses. J Gen Virol. 2005;86:2661-72. https://doi.org/10.1099/vir.0.81215-0

Centers for Disease Control and Prevention. Monkeypox Outbreak Global Map USA: Atlanta, GA:CDC;2022. Accessed: July 5, 2022. Available from: https://www.cdc.gov/poxvirus/monkeypox/response/2022/world-map.html

Li H. Minimap2: Pairwise alignment for nucleotide sequences. Bioinformatics. 2018;34:3094-100. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty191

Nguyen LT, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ. IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Mol Biol Evol. 2015;32:268-74. https://doi.org/10.1093/molbev/msu3

Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, et al. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics. 2009;25:2078-9. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352

Kugelman JR, Johnston SC, Mulembakani PM, Kisalu N, Lee MS, Koroleva G, et al. Genomic variability of monkeypox virus among humans, Democratic Republic of the Congo. Emerg Infect Dis. 2014;20:232-9. https://doi.org/10.3201/eid2002.130118

Patrono LV, Pléh K, Samuni L, Ulrich M, Röthemeier C, Sachse A, et al. Monkeypox virus emergence in wild chimpanzees reveals distinct clinical outcomes and viral diversity. Nat Microbiol. 2020;5:955-65. https://doi.org/10.1038/s41564-020-0706-0

Likos AM, Sammons SA, Olson VA, Frace AM, Li Y, Olsen-Rasmussen M, et al. A tale of two clades: Monkeypox viruses. J Gen Virol. 2005;86:2661-72. https://doi.org/10.1099/vir.0.81215-0

Nakazawa Y, Mauldin MR, Emerson GL, Reynolds MG, Lash RR, Gao J, et al. A phylogeographic investigation of African monkeypox. Viruses. 2015;7:2168-84. https://doi.org/10.3390/v7042168

Antwerpen M, Lang D, Zange S, Walter M, Woelfel R. First German genome sequence of Monkeypox virus associated to multi-country outbreak in May 2022. Virological.org. 2022.

Accessed: July 12, 2022. Available from: https://virological.org/t/first-german-genomesequence-of-monkeypox-virus-associated-to-multi-country-outbreak-in-may-2022/812

Isidro J, Borges V, Pinto M, Sobral D, Santos JD, Nunes A, et al. Phylogenomic characterization and signs of microevolution in the 2022 multi-country outbreak of monkeypox virus. Nat Med. 2022;28:1569-72. https://doi.org/10.1038/s41591-022-01907-y

Gigante CM, Korber B, Seabolt MH, Wilkins K, Davidson W, Rao AK, et al. Multiple lineages of Monkeypox virus detected in the United States, 2021-2022. bioRxiv. 2022. https://doi.org/10.1101/2022.06.10.495526

Croville G, Walch M, Guérin J, Mansuy J, Pasquier C, Izopet J. First French draft genome sequence of Monkeypox virus, May 2022. Virological.org. 2022. Accessed: July 15, 2022. Availble from: https://virological.org/t/first-french-draft-genome-sequence-of-monkeypoxvirus-may-2022/819

Mauldin MR, McCollum AM, Nakazawa YJ, Mandra A, Whitehouse ER, Davidson W, et al. Exportation of monkeypox virus from the African continent. J Infect Dis. 2022;225:1367-76. https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa559

Cohen-Gihon I, Israeli O, Shifman O, Erez N, Melamed S, Paran N, et al. Identification and whole-genome sequencing of a Monkeypox virus strain isolated in Israel. Microbiol Resour Announc. 2020;9:e01524-19. https://doi.org/10.1128/MRA.01524-19

Shchelkunov SN, Totmenin AV, Babkin IV, Safronov PF, Ryazankina OI, Petrov NA, et al. Human monkeypox and smallpox viruses: Genomic comparison. FEBS Lett. 2021;509:66-70. https://doi.org/10.1016/s0014-5793(01)03144-1

Claro IM, Romano CM, Candido DD, Lima EL, Lindoso JAL, Ramundo MS, et al. Shotgun metagenomic sequencing of the first case of monkeypox virus in Brazil, 2022. Rev Inst Med Trop Sao Paulo. 2022;64:e48. https://doi.org/10.1590/S1678-9946202264048

Isidro J, Borges V, Pinto M, Sobral D, Santos JD, Nunes A, et al. Phylogenomic characterization and signs of microevolution in the 2022 multi-country outbreak of monkeypox virus. Nat Med. 2022;28:1569-72. https://doi.org/10.1038/s41591-022-01907-y

Cómo citar
1.
Laiton-Donato K, Álvarez-Díaz DA, Franco-Muñoz C, Ruiz-Moreno HA, Rojas-Estévez P, Prada A, Rosales A, Ospina ML, Mercado-Reyes M. Secuencia genómica del virus de la viruela símica de un caso importado en Colombia. biomedica [Internet]. 2 de septiembre de 2022 [citado 25 de septiembre de 2022];42(3):541-5. Disponible en: https://revistabiomedica.org/index.php/biomedica/article/view/6647
Publicado
2022-09-02
Sección
Comunicación breve
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