Programa Nacional de Caracterización Genómica de SARS-CoV-2. Filogenia de SARS-CoV-2 en Colombia.
El anillo externo indica la región geográfica de origen de los genomas. En el árbol se representan las variantes de interés y las de preocupación que circulan en Colombia: P.1 (Gamma), B.1.1.7 (Alfa) y B.1.621.
Set de 1.083 secuencias obtenidas de GISAID (https://www.gisaid.org). Reconstrucción filogenética evaluada usando IQ-TREE mediante máxima verosimilitud, con el modelo de sustitución de nucleótidos GTR+F+I+G4, 1.000 réplicas de SH-aLRT y 1.000 réplicas de ultrafast bootstrap (UB). El número en las ramas indica el soporte de agrupación, donde UB>0,95 indica buena confianza en la agrupación del clado.
La escala del árbol indica la divergencia entre muestras por medio del número de sustituciones de nucleótidos por posición en sus secuencias genómicas.

Imagen obtenida a partir de la filogenia con las herramientas de Microreact (https://microreact.org). Elaborada el 20 de mayo de 2021.

Katherine Laiton-Donato, Carlos Franco-Muñoz, Diego A. Álvarez-Díaz, Héctor Alejandro Ruiz-Moreno, Jhonnatan Reales-González, Diego Andrés Prada, Sheryll Corchuelo, María T. Herrera-Sepúlveda, Julián Naizaque, Gerardo Santamaría, Jorge Rivera, Paola Rojas, Magdalena Wiesner, Martha Lucía Ospina-Martínez, Marcela Mercado-Reyes, Grupo de Genómica de Microorganismos Emergentes, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia